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짧은 요약(Abstract) :    
* 


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Papers with my notes

[2022]Predicting COVID-19 disease severity from SARS-CoV-2 spike protein

sequence by mixed effects machine learning

짧은 요약(Abstract) :    
* COVID19 변이체 중에서 어떤 것이 치명적이고 아닌지를 판별하는 테스크에대한 논문  
* genome sequence 시간, 장소, 인구 범위에 따라 제한적인데, GISAID(SARS-CoV-2) 데이터로 예측(비만, 만성질환  정보는 없지만, 나이, 성별 정보 포함됨)  
*  예측이 의미를 갖는가? 백신 접종  다양한 이슈가 복합적으로 작용해서 단정 짓기는 어려움  
* 해결책으로 GPBoost(?) 제안  


Next Topic should see: GISAID, GPBoost  


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  • Epidemiological:
  • Retrospective:
  • comorbidities:
  • caveats:


[2023]Candidate variants in DNA replication and repair genes in early-onset renal cell carcinoma patients referred for germline testing

짧은 요약(Abstract) :    
* constitutional defects in DNA repair underlie a subset of eoRCC  
** DNA repair defect 탐지가 질환 야기 신호..?  


Next Topic should see: eoRCC, PGVs, RCC, DNA replication, DNA repair, Germline, Renal  


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  • renal
  • carcinoma
  • pathogenic
  • germline
  • RCC familial syndrome
  • biospecimens
  • exome
  • pathogenic
  • polymerases
  • monocytes
  • peripheral
  • polymerase
  • microsatellite
  • defective
  • lymphocytes
  • carcinogenesis
  • constitutional
  • underlie


[2022]MetaMutationalSigs: comparison of mutational

signature refitting results made easy

짧은 요약(Abstract) :    
* 변이 특징 분석은  유전학에서 일반적, 진화, 분류, 치료법 결정, prognosis 추론이 만연해짐  
* 하지만 여러 프레임워크에 따라 분석 결과는 매우 상이함  
* 이러한 차이를  시각화하고 종합해줄 소프트웨어 MetaMutationalSigs 제안  


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  • aggregate: 뭉치, 집합, 집단
  • prognosis: 병의 예후나 진행을 예측
  • refitting: 다시 맞추거나 장착, 추정치 재조정
  • nucleotide: DNA나 RNA의 기본 단위
  • chromosomal: 염색체와 관련된
  • aberrations: 이상이나 오류
  • caveats: 경고나 주의사항, 제한사항


[2023]ArkDTA: attention regularization guided by non-covalent interactions for explainable drug–target binding affinity prediction

짧은 요약(Abstract) :    
* Protein-ligand binding affinity 예측은  설계와 개발의 핵심 작업  
* cross-modal attention 딥러닝 모델들에서 핵심이자, 설명력 향상에 가능성이   
* 위를 이용하여 Drug Target Interaction 모델 생성, SOTA 비슷한 성능 보이고 설명력은 높임  


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  • Protein–ligand binding:
  • affinity:


[2022]Sequence tagging for biomedical extractive question

answering

짧은 요약(Abstract) :    
* 최근 Extractive Question Answering(EQA) single-span extraction biomedical EQA 도입 post-processing step 갖음  
* BioASQ 7b and 8b list type QA에서 기존 압도  


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  • deluge: 쇄도, 홍수, 많이 증가


[2023]Perceiver CPI: a nested cross-attention network for compound–protein interaction prediction

짧은 요약(Abstract) :    
* Compound-protein interaction (CPI, 복합물-단백질 상호작용) 의학 발견의 기반  
** grpah cnn nn 적용되고 있지만 누가 확실한 우위인지 불분명  
** 특히  복합물-단백질 간의 상호작용을 전부 캐치하지    
* Perceiver CPI network 제안  
** cross-attention 매커니즘을 사용해서 학습 능력을 올림  
** drug target 사이의 상호작용을 이전보다  캐치함  
* Davis, KIBA, Metz datasets 평가  
** 성능 향상됨 확인  


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  • endeavored: 노력했다