August Papers
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짧은 요약(Abstract) :
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Papers with my notes
[2022]Predicting COVID-19 disease severity from SARS-CoV-2 spike protein
sequence by mixed effects machine learning
짧은 요약(Abstract) :
* COVID19의 변이체 중에서 어떤 것이 치명적이고 아닌지를 판별하는 테스크에대한 논문
* genome sequence가 시간, 장소, 인구 범위에 따라 제한적인데, GISAID(SARS-CoV-2) 데이터로 예측(비만, 만성질환 등 정보는 없지만, 나이, 성별 정보 포함됨)
* 이 예측이 의미를 갖는가? 백신 접종 등 다양한 이슈가 복합적으로 작용해서 단정 짓기는 어려움
* 해결책으로 GPBoost(?)를 제안
Next Topic should see: GISAID, GPBoost 단어정리
- Epidemiological:
- Retrospective:
- comorbidities:
- caveats:
[2023]Candidate variants in DNA replication and repair genes in early-onset renal cell carcinoma patients referred for germline testing
짧은 요약(Abstract) :
* constitutional defects in DNA repair underlie a subset of eoRCC
** DNA repair defect 탐지가 질환 야기 신호..?
Next Topic should see: eoRCC, PGVs, RCC, DNA replication, DNA repair, Germline, Renal 단어정리
- renal
- carcinoma
- pathogenic
- germline
- RCC familial syndrome
- biospecimens
- exome
- pathogenic
- polymerases
- monocytes
- peripheral
- polymerase
- microsatellite
- defective
- lymphocytes
- carcinogenesis
- constitutional
- underlie
[2022]MetaMutationalSigs: comparison of mutational
signature refitting results made easy
짧은 요약(Abstract) :
* 변이 특징 분석은 암 유전학에서 일반적, 진화, 분류, 치료법 결정, prognosis의 추론이 만연해짐
* 하지만 여러 프레임워크에 따라 분석 결과는 매우 상이함
* 이러한 차이를 잘 시각화하고 종합해줄 소프트웨어 MetaMutationalSigs 제안
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- aggregate: 뭉치, 집합, 집단
- prognosis: 병의 예후나 진행을 예측
- refitting: 다시 맞추거나 장착, 추정치 재조정
- nucleotide: DNA나 RNA의 기본 단위
- chromosomal: 염색체와 관련된
- aberrations: 이상이나 오류
- caveats: 경고나 주의사항, 제한사항
[2023]ArkDTA: attention regularization guided by non-covalent interactions for explainable drug–target binding affinity prediction
짧은 요약(Abstract) :
* Protein-ligand binding affinity 예측은 약 설계와 개발의 핵심 작업
* cross-modal attention은 딥러닝 모델들에서 핵심이자, 설명력 향상에 가능성이 큼
* 위를 이용하여 Drug Target Interaction 모델 생성, SOTA와 비슷한 성능 보이고 설명력은 높임
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- Protein–ligand binding:
- affinity:
[2022]Sequence tagging for biomedical extractive question
answering
짧은 요약(Abstract) :
* 최근 Extractive Question Answering(EQA) single-span extraction의 biomedical EQA에 도입 post-processing step 갖음
* BioASQ 7b and 8b list type QA에서 기존 압도
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- deluge: 쇄도, 홍수, 많이 증가
[2023]Perceiver CPI: a nested cross-attention network for compound–protein interaction prediction
짧은 요약(Abstract) :
* Compound-protein interaction (CPI, 복합물-단백질 상호작용)은 의학 발견의 기반
** grpah cnn과 nn이 적용되고 있지만 누가 확실한 우위인지 불분명
** 특히 두 복합물-단백질 간의 상호작용을 전부 캐치하지 못 함
* Perceiver CPI network 제안
** cross-attention 매커니즘을 사용해서 학습 능력을 올림
** drug와 target 사이의 상호작용을 이전보다 잘 캐치함
* Davis, KIBA, Metz datasets로 평가
** 성능 향상됨 확인
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- endeavored: 노력했다