짧은 요약(Abstract) :    
* AMR있는 MEGARes dataset update 소개  
* 금속(AMR속성으로?) 추가  
* AMR++ update-HTS 분석용

단어정리

efficacy: 효능
protocols: 절차, 규칙, 방법론
therapeutic: 치료 목적의
antibiotic regimens: 요법, 치료계획
veterinary: 수의학
confer: 부여하다
abundance: 풍부한, 높은 농도
acyclical: 주기적, 변화가 없는
facilitates: 촉진, 용이하게하다
binning: 카테고리로 분류하는 과정(그룹화)
aggregated: 집계된, 모아진, 취합된
accomodates: 수용하다, 적응하다, 맞추다
complication: 복잡함, 어려움
loci: 위치, 부위(복수형)
locus: 위치, 부위(단수)
transcription: 정보 전달(전사)
conformation: 구조
fluoroquinolone: 항생제 분류(효소 억제)
accession: 등록번호, 접수번호
meticulous: 매우 세심한, 꼼꼼한
protein homolog: 유사한 구조나 유전적 기원을 가진 담백질
knockout: 특정 유전자의 기능을 제거하거나 무력화시키는 기술
over-expression: 어떤 유전자가 과도하게 발현
variant: 변이
chromosomal: 염색체의, 염색체와 관련된(DNA와 단백질의 복합체)
Heat: 열
Virulence: 독성
anti-malarial resistance: 항 말라리아 저항성
slico testing: 시뮬레이션
confer: 부여하다
TUFAB gene: Elfamycins 저항성 유전자
suppressible: 억제할 수 있는
frameshift: 염기서열 돌연변이
susceptible: 영향받기 쉬운, 민감한
unaccounted: 기록되지 않은, 설명되지 않은, 집계되지 않은
difficile: 어려운, 힘든(불어), 영어로 difficult
literature: 문헌, 학습, 연구 논문, 리뷰, 보고서
amio acids: 아미노선
denote: 표기하다, 의미하다, 나타내다
missense: 유전자 돌연변이
precedes: 선행하다, 앞서다, 이전에 일어나다
methyltransferase: 메틸기 전달 효소
miscellaneous: 다양, 여러가지, 잡다한
supressible: 억제할 수 있는
hypersusceptible: 매우 억제 가능한
subsequently: 이후에, 그후에, 차례로
proprietary: 독점적인
non-proprietary: 비독점적인
trimming: 필요x부분 제거 과정
resistome: 특정 환경 내의 모든 항생제 내성 유전자 집합
microbiome: 특정 환경의 모든 미생물집합
encompassing: 포괄적, 포함하는

INTRODUCTION

V3의 요지는 항생제 뿐만 아니라 살충제(“biocides”), 금속(“metal”) AMR 관련된 것 추가한것(resistance to biocides and metal)

UPDATES TO MEGARes AND AMR++

Updated ARG accessions for MEGARes v3.0
새로운 내성 유전자 포함 newART(865)->8733 total
single nucleotide polymorphism insertion/deletion mutation is added

Added resistance-conferring variant information to MEGARes 3.0 annotations

저항성 부여 변이 중요성->특정 변이 간주 부분 490 포함
소프트웨어 통합->single nucleotide polymorphism existance check added
-> registome gene identifier/point finder 통합 시도
개선된 알고리즘->유전적 변이 확인 부분 개선, DB 개선, BWA alignment

CARD 보고, CARD처럼 gene family같은 것 추가 함
KARGVA 프로그램 사용(KARGA기반, k-mer로 ARG 분석)
BasicLocalAlignmentSearchTool인 BLASTN&EMBOSS(European MoleculorBiologyOpenSoftwareSuite)가 사용됨->pairwise alignment에서
** 변이 위치 확인
** 변이 맥락 context -> 변이 발생 seq 주변 부위(변이 뿐 아니라 주변도 고려한 것)
** 핵산 추출

Resistance-conferring variant identification-저항성 부여 변이 식별

DB
BWA 정렬- SAM(Sequence Alignmen Map) 파일 생성(동일 있나 체크)
SAM에 ARG있나 확인 -> I-type, S-type, N-type, H-type 등

저항성 부여 변이 확인->저항성 부여 변이 필요여부에 따라 I/S/N/H 타입으로 분류
** 변이 확인 파이프라인 유형별 약간 달리함

Updated AMR++ 3.0: NextFlow and SnakeMake pipelines

NextFlow, SnakeMake 포함(추가됨)
넥스트플로우는 스크립트 언어를 사용하여 AMR++ 작성, DSL2? 사용, 파이프라인 경량화 및 시간 단축
스네이트메이크는 파이썬기반 워크플로으로 작성, 공간 최적화

BWA-MEM 정렬도 가능
크라켄 사용가능(고품질 non-host reads 분석)